Backend Bioinformatics Engineer H/F

Détail du poste

Ingénieur Bioinformatique Backend (H/F)
Contexte et Équipe
L'équipe Pipeline Systems est un sous-système axé sur l'expertise et la robustesse des
pipelines bioinformatiques de production. Les priorités de l'équipe sont la justesse des
données, la performance, l'industrialisation et l'observabilité.

Ce rôle s'adresse à un profil d'ingénieur bioinformaticien ayant une forte inclinaison
backend. Vous serez responsable des pipelines de qualité production, des services
associés et de la propriété technique des projets en collaboration avec les équipes
opérationnelles.

Votre Mission
Votre objectif principal est de concevoir, faire évoluer et industrialiser les pipelines
bioinformatiques ainsi que les services backend associés. Vous travaillerez à améliorer
la fiabilité, le temps d'exécution (Turnaround Time - TAT), la traçabilité et l'opérabilité
des analyses.

Responsabilités Clés
1. Développement & Industrialisation de Pipelines
- Développer et maintenir des pipelines de production (ex: FASTQ BAM, BAM
VCF, VCF VCF annoté) avec des standards élevés de qualité et de
reproductibilité.
- Contribuer aux initiatives de refactorisation majeures : modularisation,
standardisation et optimisation des performances.
- Construire et maintenir les capacités de test et de validation (jeux de données de
test, rapports QA, tests de régression, automatisation).

2. Backend & APIs (Orientation Plateforme)
- Concevoir et implémenter les composants d'orchestration pour l'exécution
distribuée : planification des tâches (scheduling), gestion des dépendances et
suivi des jobs.
- Exposer les résultats via des APIs, des points de terminaison ou des services
internes.
- Améliorer l'observabilité du système (logs, métriques Prometheus, tableaux de
bord Grafana, collecte de traces).
- Maintenir une "Clean Architecture" et gérer la dette technique.
- Collaborer avec l'équipe DevOps sur le CI/CD, l'exécution Cloud et la gestion des
ressources.

3. Interfaces & Coordination
- Travailler étroitement avec les autres équipes (Al Core, BioScience, Knowledge)
sur les contrats d'interface : formats d'entrée/sortie, SLAs et versioning.
- Maintenir un backlog technique clair (Notion/GitLab) avec des spécifications
pragmatiques.

Livrables Attendus
- Des pipelines stables, testés et observables avec un temps de rendu (TAT)
maîtrisé.
- Des actifs de validation réutilisables : datasets de test, rapports QA et plans de
validation.
- Des APIs et services backend documentés, versionnés et monitorés.
- Une documentation de haute qualité alignée sur les exigences réglementaires et
de qualité.

Compétences Requises
Expertise Bioinformatique
- Maîtrise approfondie des concepts et formats NGS (FASTQ, BAM, VCF,
annotation, QC).
- Capacité à investiguer des écarts de données ou d'algorithmes et à livrer des
correctifs robustes.
- Expérience confirmée avec Nextflow ou un moteur de workflow similaire.
Ingénierie Backend
- Expérience en design de services backend : APIs, traitement asynchrone et
gestion de files d'attente.
- Solides pratiques de software engineering : tests, CI, refactoring et design
pragmatique.
- Culture de la production : focus sur la performance, la fiabilité et l'observabilité.
- Connaissance de l'optimisation de bases de données (PostgreSQL, Cassandra)
et des pipelines de données de métriques.

Le profil recherché

Profil Recherché- Diplôme en bioinformatique, informatique ou domaine connexe.- Expérience significative en environnements de production (mêlant pipelines etingénierie logicielle).- Profil hybride : alliant la rigueur scientifique à l'excellence d'exécution technique.- Le petit plus : Connaissance des exigences réglementaires (RAQA) dans lessystèmes de production.