Data scientist CDCR (H/F)

RESPONSABILITÉS :
Mettre en place un EdSh consiste à créer des flux sécurisés (ETL) entre les systèmes de soins informatisés et une nouvelle infrastructure dédiée, en s'assurant de la qualité, de l'intégrité et la cohérence des données récupérées avant de les réorganiser puis d'alimenter les études qui y seront menées.
Le/la datascientist assurera les missions suivantes :
L'évaluation régulière de cette qualité des données disponibles (sens, limites, anomalies, « tendances temporelles de qualité » pour chaque variable intégrée - discrétisation, points de rupture, dérive temporelle-) pour les projets de recherche est également indispensable pour préparer l'arrivée prochaine de l'Espace Européen des Données de Santé et la qualification du CHU de Limoges en tant que Détenteur de Données de Confiance.

• Enrichir le catalogue actuel de descriptions, de contrôles qualité et d'intégrité déjà opérés par l'équipe EDSh
• Industrialiser la production d'un rapport qualité hebdomadaire sur les informations indexées dans l'EDSh, dans ses premières versions prévues, intégrant des visualisations adaptées pour faciliter l'interprétation par les chercheurs et cliniciens
• Suivre l'évolution des principaux critères qualité et proposer des améliorations à l'équipe en charge des flux de données
• Le cas échéant, participer à la valorisation scientifique des résultats obtenus (articles, résumés, posters)
• Conseiller les futures études sur données en terme de variables à utiliser pour décrire une information donnée
• Tenir à jour un Catalogue des Transformations opérées tout au long du processus d'intégration des informations
• Participer à la gestion documentaire : procédures, guides techniques et documents qualité demandés par le réseau NOVA
• Participer à l'échelle de ce réseau comme à l'échelle nationale ou européenne, aux groupes de travail permettant la diffusion des bonnes pratiques d'extraction et de transformations de données massives

Ainsi, le CHU Limoges recherche également un-e datascientist PMSI pour assurer les missions suivantes :

• Définition et extraction des informations intéressant la recherche sur données depuis les fichiers PMSI ATIH produits par le DIM du CHU de Limoges
• Définition et extraction des informations intéressant la recherche sur données depuis les différents PACS d'imagerie (toutes modalités) du CHU de Limoges
• Faire vivre les cellules de liaison métier associées à ces 2 natures de données (« cellules EDSh-cliniciens »)
• Garantir la qualité et la pérennité des données recueillies selon les bonnes pratiques de gestion de données (contrôle de cohérence, complétude, intégrité...)
• Générer et suivre des demandes de corrections et évolutions (format des fichiers ATIH, métadonnées DICOM disponibles)
• Travailler avec les autres datascientists de l'équipe EDSh pour optimiser l'orchestration des différents flux d'alimentation de l'EDSh
• Le cas échéant, participer à la valorisation scientifique des résultats (articles, résumés, posters)
• Accompagner les futures études sur données nécessitant tout ou partie des informations citées plus haut
• Participer à la gestion documentaire : procédures, guides techniques et documents qualité demandés par ce réseau comme par le CHU Limoges.
• Participer à l'échelle du réseau NOVA aux groupes de travail permettant la diffusion des bonnes pratiques d'extraction, la définition des thésaurus standardisés, l'harmonisation de l'indexation des informations recueillies, et le partage des codes développés le cas échéant.

Forfait cadre
PROFIL RECHERCHÉ :
Formations obligatoires requises :
Bac +5 en informatique, ou cursus médical avec une spécialisation en traitements informatiques des données ou biostatistique (M2 Pro, ISUP, ENSAI, ENSAE, 3IL, INSA...)
Profil junior accepté
Connaissances obligatoires (Savoir ) :

• Connaissance des logiciels de gestion de bases de données (PostGresQL, Oracle)
• Connaissance de logiciels de statistiques & de scripting (R, Python, bash, jupyter notebook...)
• Connaissance d'outils de gestion de versions de code (Git) et de langages d'interrogation de bases de données (SQL...)
• Anglais écrit médical

Connaissances optionnelles (Savoir ) :

• Logiciels de transformations de données (ex : Nifi, DBT...)
• Réglementation en matière de recherche clinique et de la terminologie médicale
• Réglementation sur les données personnelles et/ou sensibles (RGPD)
• Environnement Linux (Debian)

Expériences professionnelles (Savoir-faire ) :
Première expérience appréciée dans le domaine médical et/ou la manipulation de données massives
Qualités professionnelles (Savoir-être ) :

• Esprit d'équipe et d'initiative
• Sens relationnel pour une intégration rapide au sein d'une équipe composite, pluridisciplinaire intégrant des médecins, des informaticiens, ingénieurs et des biostatisticiens
• Rigueur, autonomie et organisation

Renseignements :
Pr MAGNE Julien, responsable de service CDCR
RASTELLO Fabien, chef de projet EDSh