Data Scientist en Génomique et Cancer - Stage H/F

Les missions du poste

Qui sommes-nous ?

Nous sommes les Laboratoires Pierre Fabre, leader mondial qui allie expertise pharmaceutique et dermo-cosmétique pour accompagner les consommateurs et les patients à chaque étape de leur parcours de soins.
Notre portefeuille compte plusieurs franchises médicales et marques internationales dont Eau thermale Avène, Ducray, A-Derma, Klorane, René Furterer et Pierre Fabre Oral Care.
En nous rejoignant, vous intégrez une entreprise riche de sens, où la dimension humaine est essentielle. Vous devenez acteur du "We Care Movement", un mouvement qui valorise l'excellence et l'innovation au sein d'équipes passionnées. Ensemble, nous repoussons les limites de la science pour unir santé et beauté au bénéfice de tous, car à chaque fois que nous prenons soin d'une seule personne, nous rendons le monde meilleur.

Présents dans 120 pays et une équipe de plus de 10 000 collaborateurs, nous sommes fiers de créer un impact scientifique et humain, aujourd'hui et demain! Si prendre soin est au coeur de vos valeurs, rejoignez les Laboratoires Pierre Fabre et devenez un acteur clé du "We Care Movement".



Votre mission

Votre rôle au sein d'une entreprise pionnière en pleine expansion.

L'objectif de ce stage est de concevoir et de développer un outil interne de classification de l'oncogénicité afin de soutenir ce processus. Cet outil comprendra :

- Une API destinée à être intégrée aux pipelines existants de l'équipe Data Science.
- Une application dédiée permettant aux collaborateurs R&D d'interroger directement les variants.

Le développement de cette solution en interne permettra à l'équipe de disposer d'une alternative fiable et pérenne aux outils sous licence externe, tout en établissant une base technologique évolutive qui pourra continuer à être enrichie après le stage.

Dans le cadre de ce stage, vos missions seront :

1. Collecter et préparer des données

- Constitution et curation des données d'entraînement à partir de sources publiques (COSMIC, cBioPortal/TCGA/ICGC, ClinVar).
- Mise en place du pipeline d'annotation des variants.

2. Développer le modèle de machine learning

- Conception du modèle de classification de l'oncogénicité.
- Validation des performances et comparaison avec les approches existantes (benchmarking).

3. Développer l'application et les interfaces

- Mise à disposition du modèle via une API interne pour les équipes Data Science.
- Développement d'une application front-end à destination des équipes R&D.
- Rédaction de la documentation et transfert des connaissances.

Les plus du stage:

- Missions diversifiées
- Gratification attractive
- Possibilité de réaliser un jour de télétravail par semaine après un mois d'intégration
- Dotations produits
- Restaurant d'Entreprise ou Titres Restaurants

Le stage se déroulera sur notre site de Langlade, à Toulouse (31), pour une durée de 6 mois, à partir de janvier 2027.

Merci d'indiquer vos dates de disponibilités dans votre CV.

# Young People

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Your role within a pioneering, rapidly expanding company.

The objective of this internship is to design and develop an internal oncogenicity classification tool to support this process. The solution will include:

- An API designed to be integrated into the Data Science team's existing pipelines.
- A dedicated application enabling R&D colleagues to query genetic variants directly.

By developing this solution in-house, the team will gain a reliable and sustainable alternative to externally licensed tools, while establishing a scalable technological foundation that can continue to evolve beyond the internship.

During this internship, your main responsibilities will be:

1. Data Collection & Preparation

- Curate and prepare training datasets from public sources (COSMIC, cBioPortal/TCGA/ICGC, ClinVar).
- Develop and implement the variant annotation pipeline.

2. Machine Learning Model Development

- Design and develop the oncogenicity classification model.
- Validate model performance and benchmark it against existing approaches.

3. Application & Interface Development

- Deploy the model through an internal API for the Data Science teams.
- Develop a front-end application for R&D users.
- Prepare documentation and ensure effective knowledge transfer.

Benefits :

- Diverse and challenging assignments
- Attractive internship compensation
- Opportunity to work remotely one day per week after the first month of onboarding
- Employee product allocation
- Access to the company restaurant or meal vouchers

The internship will take place at our Langlade site in Toulouse, France, for a 6-month period, starting in January 2027.

Please indicate your availability dates in your CV.

Qui êtes-vous ?

Vos compétences au service de projets novateurs.

Vous êtes étudiant(e) en dernière année de Master (Bac +5) ou en école d'ingénieurs, spécialisé(e) en bioinformatique, biologie computationnelle, biostatistiques ou dans un domaine équivalent, et recherchez un stage de fin d'études de 6 mois en environnement industriel.

Compétences requises :

- Maîtrise de Python ou R (une expertise dans l'un des deux langages est indispensable ; une connaissance de l'autre est appréciée).
- Solides connaissances en génomique du cancer et en interprétation des variants somatiques.
- Intérêt pour les méthodes de machine learning appliquées à la biologie (XGBoost, Random Forest et autres modèles de classification).
- Capacité à développer une application ou une interface web simple permettant de rendre les résultats accessibles à des utilisateurs non techniques (Shiny, Streamlit, Dash, etc.).
- Rigueur méthodologique, autonomie et sens de la documentation.

Serait un plus :

- Expérience avec des outils d'annotation de variants (VEP ou équivalent).
- Développement d'API REST.
- Conception d'applications internes de valorisation et d'exploitation des données.

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Put your skills to work on innovative projects.

You are currently in the final year of a Master's degree (MSc, equivalent to a 5-year higher education degree) or an engineering school program, specializing in bioinformatics, computational biology, biostatistics, or a related field, and are looking for a 6-month end-of-studies internship in an industrial environment.

- Proficiency in Python or R (strong expertise in one language is required; familiarity with the other is a plus).
- Solid knowledge of cancer genomics and somatic variant interpretation.
- Interest in machine learning applied to biology, including approaches such as XGBoost, Random Forest, and other classification models.
- Ability to develop a simple web application or user interface to make results accessible to non-technical users (e.g., Shiny, Streamlit, Dash).
- Strong methodological rigor, autonomy, and attention to documentation.

Nice to Have

- Experience with variant annotation tools (e.g., VEP or equivalent).
- Experience developing REST APIs.
- Experience designing and developing internal data applications for data analysis and visualization.

La première richesse des Laboratoires Pierre Fabre, sont les femmes et les hommes qui les composent disait M. Pierre Fabre.

Fiers de cet héritage, et convaincus que la diversité des parcours, des expériences et des identités renforce notre performance collective, nous nous engageons à promouvoir l'égalité des chances et à garantir un environnement inclusif pour tous. Dans le respect des lois en vigueur, toutes les candidatures sont étudiées avec la même attention, sans distinction d'origine, de sexe, d'âge, de situation de handicap, d'orientation sexuelle, d'identité de genre, de croyances ou de toute autre caractéristique protégée par la loi.

Bienvenue chez Pierre Fabre

Qui sommes-nous ?Nous sommes les Laboratoires Pierre Fabre, leader mondial qui allie expertise pharmaceutique et dermo-cosmétique pour accompagner les consommateurs et les patients à chaque étape de leur parcours de soins. Notre portefeuille compte plusieurs franchises médicales et marques internationales dont Eau thermale Avène, Ducray, A-Derma, Klorane, René Furterer et Pierre Fabre Oral Care.En nous rejoignant, vous intégrez une entreprise riche de sens, où la dimension humaine est essentielle. Vous devenez acteur du "We Care Movement", un mouvement qui valorise l'excellence et l'innovation au sein d'équipes passionnées. Ensemble, nous repoussons les limites de la science pour unir santé et beauté au bénéfice de tous, car à chaque fois que nous prenons soin d'une seule personne, nous rendons le monde meilleur.Présents dans 120 pays et une équipe de plus de 10 000 collaborateurs, nous sommes fiers de créer un impact scientifique et humain, aujourd'hui et demain! Si prendre soin est au coeur de vos valeurs, rejoignez les Laboratoires Pierre Fabre et devenez un acteur clé du "We Care Movement".